Pada 1486, Kolano Baguna II wafat dan digantikan putranya yang bernama Zainal Abidin. Saat itu, Islam telah menjadi agama penting di istana Gapi. Kolano Zainal Abidin sendiri merupakan murid Maulana Husein.
“Tuan Guru,” ujar Kolano Zainal Abidin suatu hari kepada gurunya, “Kebesaran dan kemasyhuran kekhilafahan Islam hingga menjadi imperium terbesar di dunia terus mengganggu mimpiku. Aku ingin memperdalam ilmu pemerintahan Islam agar Gapi menjadi pusat peradaban Islam di belahan dunia timur. Ke manakah aku harus menimba ilmu?”
Maulana Husein yang memahami kegundahan muridnya pun menjawab, “Di Tanah Jawa ada seorang ulama yang sangat menguasai ilmu pemerintahan. Namanya Maulana ‘Ainul Yaqin. Ia dikenal dengan gelar Sunan Giri yang mendirikan pesantren di Giri Kedaton. Giri Kedaton merupakan pusat pendidikan para bangsawan Majapahit dan kerajaan-kerajaan sekutunya. Bangsawan-bangsawan dari Palembang, Malaka, Pasai, Gowa, Buton, Banjar, Martapura, dan Kutai pun menimba ilmu di sana.”
Maka, suatu hari, pada 1494, Kolano Zainal Abidin berangkat ke Majapahit untuk menimba ilmu di Pesantren Giri Kedaton. Ia berangkat dengan membawa hadiah cengkeh yang menjadi komoditas utama negerinya hingga dikenal di Giri Kedaton sebagai Sultan Bualawa yang berarti sultan negeri penghasil cengkeh.
Di Giri Kedaton, Zainal Abidin dengan tekun mempelajari ilmu pemerintahan dari Sunan Giri sekaligus memperdalam ilmu-ilmu keislaman. Ia juga menjalin persahabatan dan saling belajar dari bangsawan berbagai kerajaan yang belajar di sana.
Setelah merasa cukup, Zainal Abidin pulang ke Maluku untuk menerapkan ilmunya. Tak lupa ia mengajak beberapa santri Giri Kedaton untuk menjadi ulama-ulama yang mengajarkan Islam kepada rakyat Gapi.
Sesampainya di Ternate, Zainal Abidin langsung melakukan reformasi politik. Ia mengumumkannya di depan seluruh pejabat kerajaan.
